台湾基督长老教会是在一八六五年六月十六日，由英国籍宣教师马雅各布医师在台南市开设医院从事医疗传道开始。这也是台湾第一次接触到西方医学，并惊奇于西方医学与传统中医的不同。

一八七二年三月七日，加拿大籍长老教会宣教师马偕牧师开始在台北淡水传教，奠定台湾北部宣教的基业。

由美、加来的宣教师愈来愈多，教势拓展甚速。由台南府为中心，发展到台东，西部则北至彰化一带。皈依基督教民众日渐增多，特别是平埔族同胞最为踊跃。

在北部的马偕牧师则借着他所学的一些医学常识，从事「牙医医疗传道」的工作。他借着替人拔牙，使他在传教工作上畅顺甚多。在他廿九年宣教时间里，至少拔过四万颗牙齿。终其廿九年传教工作，成绩相当可观，仅在第一个十年里就建立了廿间教堂，接受三百名信徒受洗。第二个十年里，他创立牛津学堂（今天的台湾神学院前身）训练干部，并将宣教工作推展到兰阳地区，并延至花莲。直到一九○一年六月二日他五十八岁去世时，已建立六十所教堂。

长老教会在台湾的宣教，除了透过医疗配合传教工作外，也同时以教育来启蒙台湾人民对世界的认知并提升信仰质量；在南部创办长荣中学、女中，在北部办淡江中学，对台湾社会之现代教育贡献甚大。同时分别在南、北部设立台南、台湾神学院，培育本地人参与宣教工作。

来台湾南部的宣教师多属英国长老会，在北部的则多属加拿大长老教会，因为同属长老教会而有合并之议。双方差会代表与台湾本地教会代表乃决议，在一九五一年三月七日合并成立「台湾基督长老教会总会」。随即加入普世基督教会协会和世界归正教会联盟。

信仰精神

◎ 一切荣耀归于上帝：长老教会告白上帝的绝对主权，在人生的一切活动范围内，将上帝的主权归给上帝。我们相信一切发生的事，都是为了完成上帝的神圣目的，我们的一切生活，动作都存在于上帝美善的旨意中。

◎ 重视圣经对现实生活意义：长老教会不但高举圣经的权威，更重视圣经对现实生活的意义。长老会所属的神学院及教会都非常重视圣经的原文释意及神学解释，并视讲道为崇拜中最重要的工作。其目的就是着重如何将圣经──上帝的话──真理阐明出来，作为信徒现实生活的依据。

◎ 民主共和：长老教会告白「上帝的主权」、「基督为教会唯一的元首」，因而排斥任何在教会组织上或政策制度上的人为独裁；另一方面本着「万民皆祭司」的信仰传统，主张全体信徒对教会行政权的共同参与。

◎ 焚而不毁：长老教会告白「基督是教会唯一的元首」，并肯定上帝在一切事务上的主权，因此在任何苦难或被迫害的困境中都能维持坚定不移的信仰，勇敢地为争取宗教自由而奋斗。我台湾基督长老教会，在一百二十年的宣教历史中历经暴民攻击骚扰、教堂被毁、信徒被迫害侮辱、信仰立场被误解等悲惨事件，郄仍然坚忍不移、持守信仰、献身社会、认同民众，在这块土地上勇敢地告白基督是主，正是这种精神的崇高表现。