四七六年西罗马帝国灭亡后，蛮族国家中最大的法兰克王国国王克罗维于四九六年皈依基督教。为了利用基督教作为统治和扩张的工具，他收买拉拢当时西方世界唯一有文化的阶层──教士，使教会拥有了大量土地，得到了迅速发展。随着法兰克王国的武力扩张，基督教传播到西欧的广大地区。东正教在东罗马帝国支持下也逐步传入欧洲。这一过程同欧洲的封建化过程是一致的，因为此时的教会采用了与封建等级制度相适应的教阶体制，并采用封建方式经营土地，成了封建制度的重要支柱。上层教士不但从思想上为封建秩序进行论证和辩护，而且本身以成为封建主阶级的重要组成部分。

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八世纪中叶，法兰克国王矮子不平为报答教皇撒迦利亚的支持，将拉文那到罗马的大片土地赠与教皇，由此开创存在了一千余年的教皇国，标志着教皇在精神领袖的权威已延伸到世俗领域。八○○年，不平之子查理曼称帝，教皇利奥三世为其加冕，由此发端的帝王由教皇加冕的仪式，则是「君权神授」说的具体象征。后来教会又根据《伪伊西多尔教令集》，宣称教皇权力高于帝王，反对世俗政权控制教会。十一世纪末叶，由于教皇格列高利七世与德皇亨利四世的「授职权之争」，教权与世俗政权之间方争夺达到白热阶段。经过二百多年激烈复杂的斗争，到十三世纪教皇英诺森三世在位期间，教皇权势达于顶点，当时不少国王都向教皇称臣纳贡。在教皇卜尼法斯八世与法王腓力四世斗争失败后，教皇权力逐渐下降，教廷从一三○八年起被迫迁往法国阿维农村，史称「阿维农之囚」。一三七八年教廷迁回罗马之后，由于亲法派和亲意派之间的矛盾，出现两个教皇并立的局面。一四○九年甚至出现三个教皇鼎立，他们互相攻讦，自称正统。直到一四一七年选出马丁五世，才结束了长达四十年的「天主教会大分裂」。但是教皇的世俗权威已大大下降了。中世纪天主教之成为「欧洲封建制度的巨大国际中心」(恩格斯语)，是西欧社会政治多元状况的必然结果。正如恩格斯所说：「由一群在经常变化的相互关系中发展起来的民族组成的西欧世界，是通过天主教联合起来的。这种神学上的联合不只是观念上的。它不仅实际体现在这种联合的君主制中心即教皇身上，而且首先体现按封建和等级制原则组织起来的教会中」。另一方面，天主教会同世俗政权的抗衡，又阻碍的西欧的政治统一，抑制了王权的专制程度，促成了这种多元状态，这对西欧社会以后的发展产生了深远影响。事实上，中古后期教廷权势的衰落也同西欧各国民族主义的兴起、国家统一的要求和专制王权的加强有着密切的关系。天主教会的这段历史，和同一时期东正教会在统一帝国下依附于世俗政权的历史，都可以从社会历史条件得到合理的解释。

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在中世纪，相传由埃及的安东尼首倡，发轫于三、四世纪的基督教隐修制度得到了很大发展。隐修日以苦身修行为志，脱离世俗生活，在荒野之地独居隐修或组成隐修院集体隐修。六世纪创立的本笃修会设置了一套严格的规章制度，成为西部修院制的模式。修院从开荒务农发展为拥有大量地产，有的还兼营工商，聚敛财富，成为封建地主。后来又因此而涣散腐败。十世纪出现克吕尼派改革运动，整饬和加强修院制，后期又强调教权至上。十三世纪起出现托钵修会。这一派不置恒产，修士不集中在修院内，而是到处游乞。其中著名的有方济各会、多明我会、加尔默罗会、奥斯定会等。它们都有严格会规，必在各处设立分支组织。东正教会比较完善的修院会规始于大巴西勒，修院制度比较单一，不似天主教分门别派。

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在基督教世界，修院曾经垄断整个社会文化教育事业，对青年人进行以基督教为核心的「七艺」教育。由于古代文献资料多保存于其中，修院成为中世纪西方学术活动的中心，这也是中世纪西方的科学家、哲学家等学者多是修士的原因。中世纪以圣经和教文著作为凭借而发展起来的神学哲学体系，也因此被称为经院哲学。基督教神学吸收古希腊哲学为论证信仰服务，九至十二世纪以柏拉图主义占主导地位，十三到十四世纪则以亚里士多德体系为主。十三世纪多明我会的托马斯，阿奎那是经院哲学的集大成者，他的理论后来成为天主教的官方神学。在经院哲学的末期，有邓斯‧司各脱与托马斯相对立，而威廉‧奥卡姆则对教皇世俗权力进行了批判。从隐修制的兴起可以明显地看到宗教的出世性质，但修院的腐化又表明它并不能脱离世俗的社会，这种矛盾也表现在经院哲学的理论发展当中。

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中世纪教会参与政治最鲜明的例证是十字军战争。这场战争本来具有世俗的性质，它是西欧封建领主和商人为掠夺财富和打通东方商路而进行的侵略战争，但却披上了宗教的外衣，由教皇乌尔班二世以收复圣地为号召而发动，战争给西欧和中东人民带来了巨大的灾难，教皇向东扩张的野心并未实现，反而使教会的威信大为降低，社会矛盾更加激化。

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中世纪西欧的社会矛盾往往曲折地反映在异端教派运动里。所谓异端是神学观点与占统各地位的正统理论相左，受到当时教会与世俗当局排斥的派别。正统则以教廷所规定的信条或公会议的决议为标准。中世纪时，在贫苦农民、城市平民和新兴市民中不断兴起异端派别，其中影响较大的有鲍格米勒派、艾伯塔派、韦尔多派等等。以后更有宗教改革的先驱威克里夫派和胡斯派等。他们往往反对教廷当局。而教廷则利用新成立的多明我会和方济各会组织异端法庭对之进行迫害，有时还发动十字军进行军事讨伐。这一方面反映出封建统治阶级利用教会进行思想箝制，另一方面也反映出被统治阶级利用宗教进行反抗。而后一现象正是前一现象的必然结果。