祗园寺座落在东崖西麓、迎仙桥东，为九华山“四大丛林（祗园、东崖、百岁、甘露）”之首。

祗园寺始建于明代，称“祗树庵”。清康熙年间（1662—1723年）为化城寺东序寮房。嘉庆年间（1796—1820年）祗园寺住持乏人，庵将倾颓，诸山长老议定将禅居伏虎洞二十多年的隆山（1757—1841年）和尚请来住持。隆山率弟子大根等人在祗园寺聚众说法，开坛授戒；大兴土木，重建殿宇，其规模为全山寺院之冠，将一座萧条古寺变成了“十方丛林”，遂易今名。同治年间（1862—1874年）住持僧大根重建，增设戒棚，安单接众。光绪三十年（1904年）住持僧宽扬募建大雄宝殿，时为九华山四大丛林之首。

1956年青阳县人民政府拨款给佛教界重修寺宇。十年动乱中受到破坏，1982年以后逐步修复。1983年被国务院确定为汉族地区佛教全国重点寺院。1984年恢复丛林制度，仁德法师任方丈。

寺院由灵官殿、弥勒殿、大雄宝殿、客堂、斋殿、库院、退居寮、方丈寮和光明讲堂等9座单体建筑组成，建筑面积5175平方米。除弥勒殿和大雄宝殿属宫殿式建筑外；其余皆民居式建筑。全寺殿宇层层迭迭，回旋曲折，结构精巧，气势磅礴。寺前，有浮雕莲花甬道，由一百多块长方形石条铺砌而成。每块石条均有等距相同的浮雕图案三个：左右金钱古币滚圆，纵看似两串金钱；中间一路方形图案，像一条斗方画图集锦条幅。三步一朵盛开的荷花。其它画面，有菡萏出水，有蜻蜓戏莲叶，有青蛙伏于莲茎下，生动有趣。佛寺建筑以莲花雕饰甚多，盖因僧人对虚无飘渺的“七宝莲池”琉璃世界的憧憬。古钱铺路，为一般寺庙少见，这里出典于佛经的一段故事。相传当年释迦所住的是园林、精舍，他在摩揭陀国说法时，舍卫城的给孤独长者皈依佛门。给孤独长者准备请释迦到他家乡说法，于是选择美好园林建造精舍。当时唯有波斯匿王家的祗陀太子园林最佳，但要以黄金铺地为价，给孤独不惜重金买下。后来祗陀也信了佛，自动将园林献出，请释迦到此说法。于是这座园林的名字便冠有他二人的名氏，合称“祗陀树给孤独园”，简称“祗园精舍”，成为释迦圣地之一。祗园寺甬道刻满金钱，是为了象征释迦的圣迹。

寺门门楼宽五间，高三间。门头三层廊檐，覆盖金黄色琉璃瓦，飞檐高挑，檐角龙头伸着吐舌，有行云之势。梁栋雕饰彩绘，精致异常，有玄奘取经、水曼金山、渭水垂钧等神话和故事。门额的墙壁上，镶嵌着白底、青花图案组成的“祗园禅寺”寺名瓷匾。

寺院全部建筑，分布在四层台基上。

第一层台基高5米，座落着灵官殿、弥勒殿、客堂、斋堂和退居寮。

灵官殿。灵官是道教的神仙，为何到此为佛教寺庙守门，这里有一段韦驮被逐，灵官护法的故事。

传说韦驮因犯下杀生之错被逐出山门，金地藏尊重九华山素为道教福地，便请来了原为道教专职镇守山门的王灵官为佛教护法。

过一小庭院，有一座亭阁式的方形重檐殿堂，歇山顶，内供四大天王像，称天王殿。中间龛内端坐着“笑口常开，大肚包容”的弥勒佛。两一钵千家饭，孤身万里行“，是他的两句“偈语”。两侧是四座天王塑像。

第二层台基高2米，筑大雄宝殿。天王殿和山门建筑在同一水平线的台基上，但前者的殿基则人为抬升了0.5米，殿后的“入庄严境”院墙基础又自然抬升1米，由此转折方可以从侧面步入再度升高2米的大殿，这样高低错落，曲线前进，才完成了前导、山门、天王殿到大雄宝殿的过渡。

大雄宝殿高35米，殿阔25米，进深19米。檐间有“大雄宝殿”四个大字，下层檐也也悬挂“大雄宝殿”金字。后者是于右任先生于民国二十二年（1933年）大殿落成时所书。十年动乱中，“于右任”三字被刮去，现留的是“退居住持宽慈”六字题款。在金黄琉璃瓦顶上的正脊、水戗上都饰有堆花彩瓷的天王、罗汉像，或动、或静、或坐、或行，形态各异。狮、兕、獬等“厌胜”物列于其间。殿脊、水戗两端均饰以青花细瓷的鱼龙正吻。飞檐四角，悬有八只镂空花篮，檐下有十七个雕花斗拱。交相辉映，富丽堂皇。

大雄宝殿内，正面有高约12米的三世佛，分别是释迦、阿弥陀和药师佛。背后有状如火焰的佛光，脑后置有明镜，闪闪发亮。坐下是碧绿莲花座，下有须弥座（又叫金刚台），雕刻精细。台下有青花古瓷瓶一对。锡质、镶金烛台高达八尺。供桌，四柱为龙爪抓珠，正面中间有两根立柱，雕着力士杠顶。正面横刻“唐僧取经”故事的大面浮雕，外嵌玻璃罩护。边缘有凤凰来仪、金色九龙盘珠。上有香炉、五供。金黄铜磬，重约四百斤，铿锵有声。千斤重的大钟和皮鼓悬在大殿两角。正中悬挂着镂空八角的龙凤琉璃灯，又叫海灯、长明灯，灯光长明。地面铺陈三尺见方的罗底青砖。佛像前，为主持法会的和尚礼佛跪拜处，以铁色岩石雕制，长三尺五寸，宽二尺多，周围刻汉文花边，内刻二朵莲花、三茎莲叶、三节藕，下有水波起伏，双凤，又似孔雀在花叶下掠于水面，刻制十分讲究。所供的释迦、阿弥陀、药师佛佛像的头饰并非僧帽，而是“发髻”；额头有一块光红色装饰，谓之“肉髻”。这是把释迦在雪山苦修，以至毛发毡结的样子，塑制成美观的“发髻”。“肉髻”则是食欲最大的大鹏鸟啄之即饱，而且是啄食不尽的疙瘩。

大殿后墙两侧向左右延伸，依次排列着文殊、普贤和十八罗汉的金身坐像。文殊、普贤居释迦左右。文殊坐骑青狮，表示狮子威猛；头结五髻为“五智”；手持宝剑，为智慧的利剑，谓之“智慧威猛”。普贤骑白象，手持如意、荷花，是“义理圆通”的象征。顺序列坐的十八罗汉，也称十八尊者。其中有16名是释迦传教时经常跟随的弟子。另外两个，是记述这十六尊者最完整的典籍《法注记》的作者庆友（斯里兰卡人）和唐代翻译《法经记》的玄奘，他们列在十六尊者之后。十八罗汉皆无胡须法师，但也塑造出年龄上的差异。有怒目作法、降龙伏虎的，温良典雅、捧读经卷的，有凝眸沉思或托腮假寐的等等，各具有神态，栩栩如生。

三世佛像背后，有一组群像，高30米，宽7米，塑的是起伏的山峦和波涌的大海，称为“海岛”，上有各种人物、动物塑像。赤脚立在鳌鱼头上的观音像居中，玉女侍立于左，金童合掌参拜于右。旁有小船，“龙宫”上方有持金刚杵的韦驮、握大刀的“伽蓝”、托宝塔的李靖。最高处正中间有一个瘦骨磷峋、赤膊、抱膝蹲坐的人，那是释迦在雪山苦修六年时的形象。其它高不盈尺的上百个小像，主要由佛教“五十三参”故事中的人物组成。故事说有一善财童子往南方求道，参拜了五十三个师父，最后被观音收为弟子。这些塑像有老僧，有穿红着绿的儿童，有身裹兽皮、赤发绿面的人，有泰然自若的，有张皇四顾的，有盘膝打坐的，也有作奔走状的，神情各异。

第三层台其高6米，有方丈寮和库院。

第四层台基高3米，上筑敞门2层楼的光明讲堂。

整座建筑依山就势，鳞次栉比，布局紧凑，层次分明。寺院周围有山崖、松林、溪流，环境优美，引人入胜。

1993年5月1日上午，九华山祗园寺隆重集会，庆祝九华山佛教协会成立三十周年。

九华山佛教协会成立于1962年，三十年来在协助地方政策贯彻宗教信仰自由政策，团结广大佛教徒积极参加社会主义建设，管理好寺庙，保护国家文物，培养佛教僧伽人才及对外友好往来等方面，均取得很大成绩。现全山有僧尼460多人，重点寺庙78座，已全部对外开放。佛办自筹金八百余万元用于文物保护和维修寺庙。据悉，仅1992年进行的重点工程就达11项，还修整旅游石板道2.5公里，交通公路6华里，佛协将全山有价值的文物均登记造册，派专人负责保管。为解决当前寺庙人才奇缺的问题，佛协先后在光明讲堂举办了两期僧伽培训班，1990年又成立了一所四年的中级佛学院。目前已招收了两届学僧。中国佛教协会也在九华山举办了两期各省重点寺庙执事进修班。